Przynajmniej od czasów Bolesława Krzywoustego na prawym brzegu Wisły istniał szpital-przytułek, głownie z myślą o tych, którzy przybywali tu celem przeprawy przez Wisłę. Od tego szpitala wzięła nazwę miejscowość – Szpetal. Przy przytułku powstał kościół pw. św. Gotarda. Natomiast przy kościele, w połowie XII w., powstało opactwo benedyktyńskie. W 1228 r. miejsce benedyktynów zajęli cystersi, którzy mieli prowadzić stąd akcję misyjną w sąsiednich Prusach. Dwukrotnie, w latach 1241 i 1242, najazdy pogańskich plemion pruskich zniszczyły opactwo. Do opuszczonej placówki powrócili benedyktyni albo też zaopiekowali się nią księża diecezjalni. Niebawem jednak cystersi otrzymali od wojewody Boguszy obszerne dobra w Ziemi Dobrzyńskiej i w latach 1252–1253 wrócili do Szpetala, gdzie przebywali do 1358 r. Kościół przeszedł pod zarząd diecezji włocławskiej.
Parafia została erygowana zapewne w początkowych latach istnienia kościoła. Był nawet spór o przynależność diecezjalną z diecezją płocką, rozstrzygnięty w 1321 r. na korzyść diecezji włocławskiej. Należała ta parafia do dekanatu bobrownickiego. Potem wyłoniły się z niej parafie w Zadusznikach, Ostrowitem i Chełmicy.
Stanu pierwszej świątyni św. Gotarda nie znamy. Pod koniec XVI w. była już znacznie zniszczona, na pocz. XVII w. naprawiana. Patronat nad nią sprawowali po połowie: wikariusze katedry włocławskiej i miejscowi dziedzice. Około poł. XVII w. zniszczoną świątynię zastąpiono nową, wystawioną na koszt archidiakona włocławskiego, Tomasza Niemierza. Ten kościół przetrwał do początku XIX w.
W 1816 r. przeniesiono siedzibę parafii do nowej świątyni, wybudowanej już w Szpetalu Górnym. W latach 1818–1925 parafia należała do diecezji płockiej.
W 1927 r. Szpetal został włączony do Włocławka. W 1928 r. proponowano przyłączenie Szpetala Dolnego do parafii św. Jana, do czasu gdy tu powstanie osobna parafia. Jednak dopiero w 1947 r., tworząc parafię przy kościele katedralnym, włączono do niej Szpetal Dolny.
Parafia w Szpetalu Dolnym (tzw. Zawiślu) została erygowana 15 VIII 1982 r.
Kościół pw. Najświętszej Maryi Panny Królowej Polski i plebanię rozpoczęto budować po poświęceniu placu 15 VIII 1982 r. Kamień węgielny wmurowano 1 IX 1985 r. Projektantem kościoła jest Jan Kopydłowski. Murowany z cegły na ścianie ołtarzowej witraż autorstwa Elżbiety i Andrzeja Bednarskich stanowiący tło dla zabytkowego krucyfiksu; kopia Obrazu Jasnogórskiego autorstwa Józefa Stolorza; ołtarz i ambonka z zielonego marmuru; na ołtarzu znak ryby z Lednicy i napis 2000 (brąz); na ambonce symbole ewangelistów (brąz); tabernakulum autorstwa Stanisława Mystka; posadzka prezbiterium wyłożona białym marmurem. Kościół konsekrowany 3 XII 2000 r. przez bp. B. Dembowskiego.
Krzyż przy zbiegu ul. Grodzkiej i Jałowcowej.
Kapliczki przydrożne: w Witoszynie-Łęgu, figura Serca Pana Jezusa przy zbiegu ul. Lipnowskiej i Obrońców Wisły 1920 r.
Na terenie parafii znajduje się pomnik Obrońców Wisły 1920 r.
Ulice należące do parafii:
Akacjowa, Bławatkowa, Bobrownicka, Borówkowa, Brzoskwiniowa, Brzegowa, Bursztynowa, Chełmicka, Cysterska, Figowa, Głogowa, Górna, Grabowa, Grodzka, Grzybowa, Herbaciana, Jałowcowa, Jarzębinowa, Jaśminowa, Jemiołowa, Jeżynowa, Kalinowa, Kasztanowa, Konwaliowa, Klonowa, Krokusowa, Kwiatowa, Liliowa, Lipnowska, Łąkowa, Malinowa, Malwowa, Morelowa, Mostowa, Obrońców Wisły 1920 r., Plażowa, Podgórna, Podmokła, Poziomkowa, Przesmyk, Różana, Ruciana, Sasankowa, Spacerowa, Staromłyńska, Stokrotkowa, Storczykowa, Suszycka, Świerkowa, Tarninowa, Widok, Willowa, Wiosenna, Witoszyńska, Wrzosowa, Zarzeczewska, Zawilcowa, Zjazdowa
Proboszczowie, pracujący w naszej parafii:
Ks. prałat Teodor Lenkiewicz – 1982-2012
Ks. Józef Miłek – 2012-2019
Ks. kan. Marcin Idzikowski – od 2019 r.
Wikariusze, pracujący w naszej parafii:
Ks. Władysław Waszak – 1983-1985
Ks. Antoni Janicki – 1985-1987
Ks. Leszek Malinowski – 1987-1991
Ks. Krzysztof Kowalik – 1991
Ks. Piotr Czopiński – 1991-1993
Ks. Juliusz Mieczyński – 1993-1994
Ks. Maciej Kubasik – 1994-1995
Ks. Roman Kowszewicz – 1995-1997
Ks. Zbigniew Raj – 1997-2001
Ks. Rafał Działak – 2001-2005
Ks. Jacek Chmielewski – 2005-2008
Ks. Paweł Piasecki – 2008-2012
Ks. Krzysztof Góralski – 2012-2013
Ks. Adam Zieliński – 2013-2014
Ks. Damian Donderowicz – 2014-2017
Ks. Maciej Pawlak – 2017-2018
Ks. Szymon Wiatrowski – 2018-2019
Ks. Piotr Sowała – 2019-2024
Ks. Adam Kłonowski – od 2024r.
Domy zakonne na terenie parafii: Siostry Westiarki Jezusa – ul. Krokusowa 9, 87-800 Włocławek, tel.: 54 237 18 40
Z parafii pochodzą: s. Małgorzata Strzelecka SMMM (p.z. 1992)